Nach Ende des Zweiten Weltkrieges reifte an der Hochschule für Welthandel, der heutigen Wirtschaftsuniversität Wien, der Wunsch, eine eigene Studentenverbindung zu gründen. Diese Verbindung sollte als konfessionelle Sammelbewegung und katholisches Gegengewicht an der Hochschule zu materialistischen und liberalen Kräften agieren. Am 25. Januar 1947 war es endlich soweit. Im Café Hochschule wurde die Gründung der Mercuria beschlossen. Die Gründer waren Egon A. Zimmel und Hans Prögelhöf. Am 31. Januar 1947 fand im Restaurant Passecker die Gründungsfestkneipe statt. Mercuria ist damit die erste ÖCV-Verbindung, die nach Ende des Zweiten Weltkrieges gegründet wurde.

Im Wintersemester 1947/48 wurde in der Gegenwart des Bundesministers für Unterricht, Dr. Felix Hurdes, sowie des damaligen Rektors der Hochschule für Welthandel DDr. Richard Kerschagl, welcher 1953 auch das Ehrenband Mercurias bekommen sollte, der Promulgations-Kommers gefeiert. Am 3. Mai 1948 erfolgte auf der 6. Cartellvollversammlung (CVV) die Aufnahme als befreundete Verbindung in den ÖCV; auf der 8. CVV am 25. Mai 1950 als freie Vereinigung und schließlich am 19. Mai 1955 auf der 13. CVV als vollberechtigte Verbindung des Österreichischen Cartellverband (ÖCV). Die erste Bude wurde im Wintersemester 1954/55 eingeweiht und befand sich in der Langegasse 26 im 8. Bezirk. 1960 wurde die Bude in der Himmelpfortstiege 1 im 9. Bezirk bezogen. Nach umfassenden Renovierungsarbeiten im Wintersemester 1966/67 wurde die Bude von Franz Kardinal König neu geweiht. Im Sommersemester 1979 wurde die Bude erneut generalsaniert. 

Unter dem Eindruck der Corona-Pandemie zog Mercuria im Januar 2022 in neue, moderne Räumlichkeiten in der Franz-Hochedlinger-Gasse 23 um. Dies wurde durch die großzügige Unterstützung von Dr. Ludwig Haberl ermöglicht, der die Generalsanierung der Räumlichkeiten vollständig finanzierte. Im April 2022 wurde diese neue Bude in Anwesenheit zahlreicher Bundesbrüder und Verbandsfunktionäre durch den Generalsekretär der österreichischen Bischofskonferenz, DDr. Peter Schipka, geweiht. Am darauffolgenden Tag waren die neuen Räumlichkeiten Austragungsort für den Auftakt zum 75-jährigen Bestehen des e.v. K.Ö.H.V. Mercuria. Dieser fand im Rahmen des CVV-Kommerses in Krems seinen Höhepunkt. Unter der Leitung von Senior Benjamin Frormann und Vorortspräsident Felix Geyer fand ein eindrucksvoller Kommers statt. Prof. Dr. Peter Hofbauer hielt in Anwesenheit zahlreicher Vertreter der Kirche, der Bundes- und Landesregierung sowie der Wirtschaft eine eindrucksvolle Rede. Zum Abschluss des Kommers wurde die neue ÖCV-Standarte, gespendet von Vorort Mercuria, bestehend aus den Bundesbrüdern Felix Geyer, Valentin Cordes, Lukas Feuchter, Nikolaus Hutter und Martin Fischer, unter tosendem Applaus enthüllt.

Im Österreichischen Cartellverband (ÖCV) stellte die Mercuria dreimal alleine (1969/70, 1988/89, 2021/22) die Verbandsleitung, den Vorort. Den Vorsitz im Wiener Cartellverband (WCV) bekleidete man zweimal alleine (1968/69, 1971/72). Darüber hinaus waren zahlreiche Mercuren an Vororten und WCV-Präsidien beteiligt, die von mehreren Verbindungen gemeinsam gestellt wurden. Außer der Ausübung dieser Funktionen organisierte Mercuria 1968 und 1972 den WCV-Ball in der Hofburg. Dieser stand beide Male unter dem Ehrenschutz von Franz Josef II., des Fürsten von und zu Liechtenstein. 

Abseits dieser Verbandsaktivitäten besteht seit 1968 Freundschaft mit e.v. K.Ö.H.V. Nordgau Wien im ÖCV. Hinzu kam 1998 der Tausch der Freundschaftsbänder mit e.v. K.D.St.V. Churpfalz im CV zu Mannheim.